De oude haven lag aan de noordoostkant van het stadje bij de Mheen. Het was niet meer dan een uitmonding van de Puttenerbeek waar de schepen voor anker (rede) gingen. In een akte uit 1438 wordt deze scheepsrede nog genoemd. Na de verplaatsing van de stad (eind veertiende eeuw) groeven de Elburgers een nieuwe haven en een havenkanaal. Dat was in 1443, bijna een halve eeuw na de verplaatsing. 

Hoe de situatie dan precies is, weten we niet. Oude stadsrekeningen uit die tijd vermeldden “daggelden en andere onkosten voor graafwerk aan de haven”. Het totale werk kostte 670 gulden! Op een plattegrond uit ongeveer 1649 (Atlas van Joan van Blaue) staat de havenkom met een kanaal voor het eerst afgebeeld aan de noordwestkant van de stad. Overigens wordt in een document uit diezelfde tijd ook “de olde haven” nog steeds genoemd!

Vele jaren vormde de bereikbaarheid van de haven een probleem. Tijdens de 17e en 18e eeuw werd er voortdurend geklaagd bij het Elburger gemeentebestuur. Grotere schepen moesten op de rede (buiten het havenkanaal) voor anker gaan. Zogenaamde “bootschuivers” zorgden voor het laden en lossen van de schepen door middel van kleine, open platbodems met een geringe diepgang. In het verleden werden er talloze pogingen ondernomen om de verzanding van de haven tegen te gaan. Echter, zonder succes.